Dział Archeologii w Muzeum Podlaskim istnieje od 1956 roku. Od tego okresu rozpoczęto gromadzenie zabytków archeologicznych. Pierwsze przedmioty pochodziły z przypadkowych znalezisk i były przekazywane przez znalazców w formie darów. Wkrótce zbiory działu zaczęły się powiększać o materiały z badań wykopaliskowych prowadzonych razem z Konserwatorem Zabytków Archeologicznych w Białymstoku. Muzeum samodzielne prace wykopaliskowe rozpoczęło w 1961 r. od badań ratowniczych na cmentarzysku kurhanowym z V-VI i VI-VII w. w Krzywólce k/ Suwałk. Najdłużej trwającymi terenowymi pracami muzealnymi (1962-1970, 1975) były badania wykopaliskowe wczesnośredniowiecznego kompleksu osadniczego (składającego się z grodziska dwóch osad i cmentarzyska) w Świecku Strumianach k/ Wysokiego Mazowieckiego.
Od kilku lat Dział prowadzi z młodzieżą, na terenie placówek muzealnych i szkolnych interaktywne zajęcia o tematyce archeologicznej.